Fundada por San Ignacio de Loyola, la Compañía de Jesús nace en 1540, época caracterizada por un intenso conflicto dentro de la Iglesia a partir de la Reforma Protestante, una expansión de las fronteras y una auténtica revolución en el campo del conocimiento y de las letras. La Compañía de Jesús intenta dar una respuesta positiva a este reto de la historia, a través del servicio al pueblo cristiano en la defensa y promoción de la fe. Actualmente la Compañía de Jesús en México tiene a su cargo apostolados muy diversos. Su aporte para el servicio de la Iglesia en el pueblo de Dios se desarrolla en el campo de la educación formal, el campo del apostolado social, la formación sacerdotal tanto de jesuitas como de otros religiosos y, el acompañamiento personal. La biblioteca Eusebio F. Kino forma parte de este servicio,  custodia un rico acervo bibliográfico y por ello tiene la responsabilidad de preservar, conservar, organizar,  resguardar y sobre todo difundir y hacerlo  accesible a los investigadores interesados. Sus fondos modernos ascienden aproximadamente a 160 000 volúmenes y se dividen en: acervo general,  que tiene como eje temático principal la teología y materias relacionadas;  el Fondo Mariano Cuevas especializado en historia de México e historia de la iglesia en México y la colección hemerográfica. Actualmente estos fondos modernos se encuentran resguardados y pueden consultarse en la Universidad Iberoamericana Ciudad de México. Por último, el fondo antiguo “José Gutiérrez Casillas, S.J.” concentra las obras impresas entre el Siglo XV y principios del XX, provenientes de las diferentes bibliotecas de las comunidades jesuitas del país. Está formado por obras monográficas, manuscritos, fotografías y mapas. La temática es diversa y abarca tanto el ámbito civil como el secular.